Реферат
Отчет 51 с., 15 рис., 10 табл, 31 источник
Ключевые слова:
генетический полиморфизм, биочипы, фармакогенетика, артериальная гипертензия, мутация, медицинская генетика.
Цель работы
: разработка и апробация тест-систем на основе биочипов для изучения генетической предрасположенности к развитию наиболее частых мультифакториальных заболеваний (онкологических и сердечно-сосудистых).
Объект исследования:
образцы ДНК базы данных Лаборатории пренатальной диагностики ГУ НИИ АГ им.Д.О.Отта РАМН.
Методика:
использован метод гибридизации на олигонуклеотидном биочипе
Результаты работы:
в настоящее время созданы биочипы для диагностики генетической предрасположенности к онкологическим и сердечно-сосудистым заболеваниям. Биочипы для диагностики генетической предрасположенности к онкологическим заболеваниям является диагностической тест-системой, позволяющей выявлять как генетическую предрасположенность к мультифакториальным заболеваниям (в подавляющем большинстве, онкологическим), так и определять индивидуальную чувствительность к фармацевтическим препаратам. Во многом такая особенность биочипа обусловлена особенностями его конструирования и выбором определенных локусов для анализа. Мы руководствовались следующими принципами при выборе полиморфных локусов: в исследование вошли гены, преимущественно участвующие, как в регулировании метаболизма лекарств, так и в определении генетической предрасположенности к различным мультифакториальным заболеваниям. В этих генах выбирали функционально значимые аллели, встречающиеся с наибольшей частотой. Включали только те гены, полиморфизм которых характерен и уже предварительно изучен в российской популяции. Микрочип устроен по блочному принципу. Каждый блок предназначен для детекции мутаций в группе генов, предрасполагающих к тому или иному заболеванию или имеющих близкие функции. Поэтому, в зависимости от задачи, исследователь может комбинировать блоками при конструировании диагностического биочипа для анализа конкретного заболевания, а также менять число блоков и состав генов внутри блока. Такая особенность осуществима, благодаря универсальности подхода при подборе праймеров и выборе условий проведения мультиплексных ПЦР. В блок №1 входят гены CYP1A1
и CYP2D6
. В гене CYP1A1
с помощью чипа можно анализировать мутации С4887А, A4889G и T6235C. Детекция данных мутаций позволяет выявить 4-аллеля этого гена: “дикий тип”, “2A”, “2B” и “4”
. В гене CYP2D6
можно выявлять мутации G1934A и DelA2637. Их определение позволяет сделать вывод о наличии у индивидуума аллелей “*4” и “*3”. В блок №2 входят гены GSTT1
и GSTM1
. Внутри этих генов с помощью чипа можно анализировать протяженные делеции. Детекция данных мутаций позволяет выявлять так называемые “нулевые” аллели этого гена (гомозигот по делеции), а также определять образцы, в которых есть хотя бы одна копия гена (гетерозиготы по делеции и гомозиготы “дикиго типа. В блок №3 входят гены NAT2
и MTHFR
. В гене NAT2
с помощью чипа можно анализировать мутации 481C>T, 590G>A и 857G>A. Детекция данных мутаций позволяет выявить 4-аллеля этого гена: “дикий тип”, “ S1”, “ S2” и “ S3”. В гене MTHFR
можно анализировать мутацию С677Т. В блок №4 входят гены CYP2C9
и CYP2C19
. В гене CYP2C9
с помощью чипа можно анализировать мутации С430T и C61075T. Детекция данных мутаций позволяет выявить 3-аллеля этого гена: “дикий тип”, “*2” и “ *3”. В гене CYP2C19
можно анализировать мутацию G681A, что позволяет определять “дикий тип” и “*2” аллель этого гена. Таким образом, “Фармаген-биочип” позволяет анализировать 14 мутаций в 8 генах. Кроме того, используя гибридизацию на гелевом микрочипе, мы можем с одинаковой эффективностью определять как однонуклеотидные замены, так и микро и макро делеции (в данном случае используется один раунд мультиплексной ПЦР), а также выявлять близкорасположенные мутации. Микрочип был протестирован на 30 контрольных и более 100 клинических образцах. Результаты тестирования контрольных образцов (идентификация мутаций в них была подтверждена другими методами – ПДРФ, секвенирование и другие) показали полное совпадение. Анализ клинических образцов выявил 2 расхождения из 715 проанализированных мутаций. Таким образом, точность метода составила 99,7%.
Забиваем Сайты В ТОП КУВАЛДОЙ - Уникальные возможности от SeoHammer
Каждая ссылка анализируется по трем пакетам оценки: SEO, Трафик и SMM.
SeoHammer делает продвижение сайта прозрачным и простым занятием.
Ссылки, вечные ссылки, статьи, упоминания, пресс-релизы - используйте по максимуму потенциал SeoHammer для продвижения вашего сайта.
Что умеет делать SeoHammer
— Продвижение в один клик, интеллектуальный подбор запросов, покупка самых лучших ссылок с высокой степенью качества у лучших бирж ссылок.
— Регулярная проверка качества ссылок по более чем 100 показателям и ежедневный пересчет показателей качества проекта.
— Все известные форматы ссылок: арендные ссылки, вечные ссылки, публикации (упоминания, мнения, отзывы, статьи, пресс-релизы).
— SeoHammer покажет, где рост или падение, а также запросы, на которые нужно обратить внимание.
SeoHammer еще предоставляет технологию Буст, она ускоряет продвижение в десятки раз,
а первые результаты появляются уже в течение первых 7 дней.
Зарегистрироваться и Начать продвижение
Биочип, для анализа генетической предрасположенности к сердечно-сосудистым заболеваниям, устроен аналогично. В блок №1 входят гены REN, AGT, AGTR1, AGTR2
. В гене REN
с помощью чипа можно анализировать мутацию I9-83G/A, в гене AGT
- M235T, в гене AGTR1
- A1166C, в гене AGTR2
- C3123A. В блок №2 входят гены BKR2, ADRB2
и MTHFR
. В гене BKR2
с помощью чипа можно анализировать мутацию -T58C, в гене ADRB2
- A48G и C81G, в гене MTHFR
- С677Т. Таким образом, “Кардио-биочип” позволяет анализировать 8 мутаций в 7 генах. Микрочип был протестирован на 20 контрольных и более 50 клинических образцах. Результаты тестирования контрольных образцов (идентификация мутаций в них была подтверждена другими методами – ПДРФ, секвенирование и другие) показали полное совпадение. Анализ клинических образцов выявил 1 расхождения из 400 проанализированных мутаций. Таким образом, точность метода составила 99,8%.
Сервис онлайн-записи на собственном Telegram-боте
Попробуйте сервис онлайн-записи VisitTime на основе вашего собственного Telegram-бота:
— Разгрузит мастера, специалиста или компанию;
— Позволит гибко управлять расписанием и загрузкой;
— Разошлет оповещения о новых услугах или акциях;
— Позволит принять оплату на карту/кошелек/счет;
— Позволит записываться на групповые и персональные посещения;
— Поможет получить от клиента отзывы о визите к вам;
— Включает в себя сервис чаевых.
Для новых пользователей первый месяц бесплатно.
Зарегистрироваться в сервисе
Основные конструктивные, технологические и технико-эксплуатационные характеристики:
биочип обладает определенной специфичностью и чувствительностью: 1. Специфичность. Биочип должен специфично определять генетические изменения (полиморфизм) в исследуемом образце крови или слюны. В качестве основных параметров выступают характеристики сравнения интенсивности флуоресценции дискриминирующих олигонуклеотидов. 2. Чувствительность. Биочип должен выявлять указанные генетические изменения при наличии не менее 10 000 геном-эквивалентов (молекул ДНК) в 1 мл крови или в 1 мл слюны.
Экономическая эффективность или значимость работы:
результатом проекта является создание принципиально новой продукции (материалов, образцов, технологий и др.). Рыночная привлекательность продукта проекта заключается в том, что появляется возможность в кратчайшие, приемлемые для практической медицины, сроки выявлять текущее состояние исследуемых в ходе диагностики образцов и принимать оперативные меры в интересах нейтрализации потенциального негативного воздействия. Наиболее важными достоинствами продукта проекта, в первую очередь интересующих потребителей, является высокая чувствительность диагностики, малые сроки ее проведения, относительная дешевизна, как процесса диагностики, так и используемых оборудования и материалов, простота освоения технологии средним медперсоналом.
|
