| Простейшие с организацией жгутиконосцев(Mastigophora) |
| ТИП МНОГОЖГУТИКОВЫЕ (Polymastigota) |
| Класс РЕТОРТОМОНАДОВЫЕ (Retortamonada) |
| Класс ДИПЛОМОНАДОВЫЕ (Diplomonada) |
| Класс ОКСИМОНАДОВЫЕ (Oxymonada) |
| Класс ПАРАБАЗАЛИЕВЫЕ (Parabasalea) |
| ТИП ЭВГЛЕНОЗОИ (Euglenozoa) |
| Класс ЭВГЛЕНОВЫЕ (Euglenida) |
| Класс КИНЕТОПЛАСТОВЫЕ (Kinetoplastida) |
| ТИП КРИПТОМОНАДЫ (Cryptomonada) |
| ТИП ЗОЛОТИСТЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Chrysomonada) |
| ТИП ОПАЛИНОВЫЕ (Opalinomonada) |
| Класс ПРОТЕРОМОНАДЫ (Proteromonada) |
| Класс ОПАЛИНЫ (Opalinata) |
| ТИП САПРОЛЕГНИЕВЫЕ (Saprolegnioidea) |
| Класс ООМИЦЕТЫ (Oomycetes) |
| Класс ГИФОХИТРИДИОМИЦЕТЫ (Hyphochytridiomycetes) |
| ТИП ЛАБИРИНТУЛЕВЫЕ (Labyrinthulea) |
| ТИП ПАНЦИРНЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Dinomonada) |
| ТИП ЗЕЛЕНЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Chloromonada) |
| ТИП ВОРОТНИЧКОВЫЕ (Choanomonada) |
| ТИП ХИТРИДИЕВЫЕ (Chytridiomycota) |
| Простейшие с организацией корненожек (Rhizopoda) |
| ТИП ЛОБОЗНЫЕ (Lobosea) |
| Класс ГОЛЫЕ ЛОБОЗНЫЕ АМЕБЫ (Gymnamoeba) |
| Класс РАКОВИННЫЕ ЛОБОЗНЫЕ АМЕБЫ (Testacealobosea) |
| ТИП ГЕТЕРОЛОБОЗНЫЕ (Heterolobosae) |
| Класс ШИЗОПИРЕНИДЫ (Schizopyrenida) |
| Класс АКРАЗИЕВЫЕ (Acrasea) |
| ТИП АРХАМЕБЫ (Archamoeba) |
| ТИП МИЦЕТОЗОА (Mycetozoa) |
| Класс БЕЗРАКОВИННЫЕ ФИЛОЗНЫЕ АМЕБЫ (Aconchulofilosea) |
| Класс ПРОТОСТЕЛИЕВЫЕ (Protostelea) |
| Класс ДИКТИОСТЕЛИЕВЫЕ (Dictyostelea) |
| Класс НАСТОЯЩИЕ МИКСОМИЦЕТЫ (Eumycetozoa) |
| ТИП ЦЕРКОЗОА (Cercozoa) |
| Класс ЦЕРКОМОНАДЫ (Cercomonada) |
| Класс РАКОВИННЫЕ ФИЛОЗНЫЕ АМЕБЫ (Testaceafilosea) |
| Класс РЕТИКУЛОФИЛОЗНЫЕ (Reticulofilosea) |
| ТИП ФОРАМИНИФЕРЫ (Foraminifera) |
| Класс АСТРОРИЗОВЫЕ (Astrorhizata) |
| Класс СПИРИЛЛИНЕВЫЕ (Spirullinata) |
| Класс МИЛИОЛИЕВЫЕ (Miliolata) |
| Класс НОДОЗАРИЕВЫЕ (Nodosariata) |
| Класс РОТАЛИЕВЫЕ (Rotaliata) |
| Класс ГЛОБИГЕРИНОВЫЕ (Globigerinata) |
| ТИП КСЕНОФИОФОРЕИ (Xenophyophorea) |
| Лучистые простейшие (Actinopoda) |
| ТИП ЛУЧЕВИКИ (Radiolaria) |
| Класс ПОЛИЦИСТИНЕЕВЫЕ (Polycystinea) |
| Класс ФЕОДАРИЕВЫЕ (Phaeodaria) |
| ТИП АКАНТАРИИ (Acantharea) |
| ТИП ТАКСОПОДЫ (Taxopoda) |
| ТИП СОЛНЕЧНИКИ (Heliozoa) |
| Класс АКТИНОФРИИДЫ (Actinophryida) |
| Класс ДЕСМОТОРАЦИДЫ (Desmothoracida) |
| Класс ЦИЛИОФРИИДЫ (Ciliophryida) |
| Класс ЦЕНТРОХЕЛИДЫ (Centrochelida) |
| Альвеолятные простейшие (Alveolata) |
| ТИП АПИКОМПЛЕКСОВЫЕ (Apicomplexa) |
| ПОДТИП ПЕРКИНСООБРАЗНЫЕ (Perkinsemorpha) |
| Класс КОЛПОДЕЛЛИДЫ (Colpodellida) |
| Класс ПЕРКИНСОВЫЕ (Perkinsida) |
| ПОДТИП СПОРОВИКИ (Sporozoa) |
| Класс ГРЕГАРИНЫ (Gregarinina) |
| Класс КОКЦИДИЕОБРАЗНЫЕ (Coccidiomorpha) |
| Отряд Eimeriida |
| Отряд Haemosporidia |
| Отряд Piroplasmida |
| ТИП РЕСНИЧНЫЕ ИЛИ ИНФУЗОРИИ (Ciliophora) |
| Класс КАРИОРЕЛИКТОВЫЕ (Karyorelicta) |
| Класс РАЗНОРЕСНИЧНЫЕ (Heterotricha) |
| Класс СПИРАЛЬНОРЕСНИЧНЫЕ (Spirotricha) |
| Класс ЛИТОСТОМАТОВЫЕ (Lithostomata) |
| Класс ХОНОТРИХА (Chonotricha) |
| Класс СОСУЩИЕ (Suctoria) |
| Класс КОЛПОДОВЫЕ (Colpodida) |
| Класс ПРОСТОМОВЫЕ (Prostomata) |
| Класс ОЛИГОГИМЕНОФОРОВЫЕ (Oligogymenophorea) |
| Класс БЕЗРОТЫЕ (Astomata) |
| Отдельные группы простейших |
| ТИП МИКРОСПОРИДИИ (Microsporidia) |
| ТИП МИКСОСПОРИДИИ (Myxozoa |
